Theo niên giám tòa thánh năm 2003 thì ông đắc cử Giáo hoàng vào ngày 8 tháng 11 năm 1047. Đây là lần đắc cử lần 3 và sau đó từ chức theo lời khuyên của Thánh Bartholomeus.

Giáo hoàng Clement II lên ngôi không đầy một năm và qua đời vào ngày 9 tháng 10 năm 1047.

Lần thứ 3 gia đình bá tước Tuscolo lại đưa Benedictus về làm Giáo hoàng. Triều đại lần này của ông kéo dài từ ngày 8 tháng 11 cho tới ngày 17 tháng 7 năm 1048. Một phe Đảng Rôma phản đối với hoàng đế. Ông này tỏ ý kiến chống Benedictus IX và cuối năm 1047 cho bầu Poppo de Brixen, người xứ Bavie tức Damasus II.

Nhưng Benedictus IX đã trốn mất sau khi Henry III cử hầu tước Bônifatiô Canossa đến Rôma. Ông này lúc bấy giờ cho bầu Leo IX. Với sự giúp đỡ của hoàng đế, Giáo hoàng mới đánh người Tusculanô và tàn phá các đất phong của họ. Từ chối trả lời những tố cáo về tội mạn thánh chống lại ông, Benedictus IX bị vạ tuyệt thông, những người bà con thân thuộc của ông cũng vậy.

Khi Leo IX qua đời vào tháng 4 năm 1054, Benedictus IX một lần nữa lại thử lên ngôi Giáo hoàng, nhưng không thành công. Sau lần thất bại cuối cùng này, ông nghe theo lời khuyên của tu sĩ Bartholomew và đã về hưu ở tu viện Grottaferrata, gần Rôma. Đan viện này thuộc phạm vi ảnh hưởng của những người Tusculanô.